ფლორა

მაჭახელას ეროვნული პარკის ტერიტორია 95% ტყითა და გაუვალი ბუჩქნარითაა დაფარული.  ჰიფსომეტრულად ტყეები შემდეგნაირადაა განაწილებული:

ზღ.დან 500-600 მ: შერეული ფართოფოთლოვანი კოლხური ტიპის ტყეებით არის წარმოდგენილი, სადაც პარკის ტერიტორიის უდიდესი ნაწილი უჭირავს ტყის ფიტოცენოზებს მურყნარის დომინირებით, აგრეთვე ამ სარტყელში გვხდება წაბლნარი, წიფლნარები, ასევე რცხილა, იფანი, თუთუბო და სხვა. ქვეტყეში ხშირია კოლხური ჯონჯოლი, ბზა, პონტოური შქერი, იელი, წყავი, ეწერის გვიმრა, სურო, ჭყორი-ბაძგი, ჯონჯოლი, ლეღვი და სხვა.

ზ.დ 500-800-1000 (1200 მ): წაბლის სარტყელი. ამავე სარტყელში გავრცელებულია ცენოზები ძირითადად წაბლის დომინირებით, რომლებიც კომპოზიციურად ბევრად არ განსხვავდება წიფლნარებისაგან. ამ სარტყელში წარმოდგენილია აგრეთვე რცხილა, მურყანი, ცაცხვი, დიდგულა, იფანი, კოპიტი, თელა, თეთრი აკაცია და სხვა. 

ქვეტყეშია შქერი, წყავი, გვიმრა, ძმერხლი, მაყვალი, ქართული ყოჩივარდი, ციურა, დიდი ხვართქალა, თხაწართხალა და სხვა, ასევე გვხვდება  ნაძვი, ურთხელი, უთხოვარი, თელა, თეთრი აკაცია,  მსხალი, კუნელა.

ზ.დ 1000-1500 (1800მ) წარმოდგენილია წიფლის სარტყელი. ეს სარტყელი შედგება ძირითადად აღმოსავლეთის წიფლის, რცხილის, და სხვა სახეობათა შერევით. ქვეტყეში გავრცელებულია პონტოს შქერი, წყავი, კავკასიური მოცვი, ძახველი, კოლხური სურო, მარწყვი, სოსნოვსკის დიყი, შალამანდილი, მაჯორიკა,გუგულის კაბa, ვარდკანაფა,  უნგერნი შქერი, ბალამწარა, ნეკერჩხალი, ზღმარტლი. 

პარკის ღირსშესანიშნაობებს წარმოადგენს უნიკალური რელიქტური მცენარეთა სახეობები, რომლებიც საქართველოს წითელ ნუსხაშია შეტენილი და მათ VU (მოწყვლადი) სტატუსი აქვთ მინიჭებული: მედვედევის არყი, კოლხური ბზა, წაბლი, კოლხური თხილი, კაკალი, კოლხური მუხა, პონტოური მუხა, უნგერნის შქერი, კოლხური ჯონჯოლი, უთხოვარი, შიშველი თელადუმა.

ფაუნა

პარკის ტერიტორიაზე ბინადრობენ: არჩვი ( rupicarpa rupicarpa),  შველი (capreolus capreolus), მურა დათვი (ursus arctos), ტურა (canis aureus), მგელი (canis lupus), ფოცხვერი (lynx lynx), გარეული ღორი (sus scrofa), კვერნა (artes artes), მაჩვი (meles meles), წავი- Lutra lutra კავკასიური ციყვი (sciurus anomalus), და მრავალი სხვა. ამათგან წითელი ნუსხით დაცულია: მურა დათვი, არჩვი, ფოცხვერი, წავი და კავკასიური ციყვი.  ამფიბიებიდან ეროვნული პარკის ტერიტორიაზე გვხვდება: წყალხმელეთა კავკასიური სალამანდრა (ლათ. Mertensiella caucasica) , ხოლო ქვეწარმავლებიდან : თურქული ხვლიკი, მცირე მცურავა, ყვითელყურა, ბოხმეჭა და ესკულაპის მცურავი;

ფრინველები: კასპიური შურთხი, მიმინო, მთის არწივი, შევარდები, თეთრკუდა არწივი, ჭოტი, ძელქორი, ქორი, თეთრზურგა კოდალა, ჭრელი კოდალა, ოფოფი, მცირე ყინავა, შაშვი.

ბიომრავალფეროვნება

მაჭახელას ეროვნული პარკი მტირალას ეროვნულ პარკთან, კინტრიშის დაცულ ტერიტორიებთან და ჯამილის ბიოსფერულ რეზერვატთან (თურქეთი) ერთად კოლხეთის ბიოგეოგრაფიული რეგიონის შემადგენელი ნაწილია.  ეკორეგიონი ჩართულია ბუნების დაცვის მსოფლიო ფონდის (WWF) 200 გლობალური ეკორეგიონისა და საერთაშორისო კონსერვაციის 34 ცხელ წერტილში. ეს რეგიონი კავკასიაში გამოირჩევა რელიქტური და ენდემური სახეობების სიმდიდრით. ამას ის ფაქტი განსაზღვრავს, რომ კოლხეთი გამყინვარებათა პერიოდში სითბოს მოყვარული სახეობების თავშესაფარს წარმოადგენდა. აქ ზომიერი სარტყლის ტყეები უწყვეტად ხარობს მესამეული პერიოდიდან: აღმოსავლეთ ევრაზიაში ეს არის (ჰირკანის ბიოგეოგრაფიულ ერთეულთან ერთად) ბიომრავალფეროვნებით სრულიად გამორჩეული, უნიკალური მონაკვეთი. 

მაჭახელას ეროვნული პარკის ტერიტორიის ნაწილი „ზურმუხტის ქსელის“ შემადგენელია.

პარკის ტერიტორია მდიდარია რელიქტური, ენდემური, იშვიათი ფლორისა და ფაუნის მოწყვლადი სახეობებით: ტერიტორიაზე გვხვდება 548 სახეობის მცენარე, რომელთაგან 55 სახეობა ენდემურია: მათ შორის  21 კავკასიის, 3 საქართველოს, 25 კოლხეთის, 4 აჭარა-ლაზეთის და 2 აჭარის, ხოლო ძუძუმწოვრების 43 სახეობა, ფრინველების 92 სახეობა, თევზების 31 სახეობა, ამფიბიებისა და ქვეწარმავლების 20 სახეობაა გავრცელებული.